明代
李时珍的《本草纲目》载有常食大蒜可预防疫痢、霍乱等传染病，胡正心在《简易备验方》中提出了蒸汽消毒法，张景岳的《景岳全书》中记载了用“福建茶饼”进行口腔消毒，以防病从口而入。吴又可的《温疫论》是温病学第一部专论疫病的著作。吴氏认为，温疫之为病，是“非风，非寒，非暑，非湿，乃天地间别有一种异气所感”，即“疠气(戾气)”。它从口鼻而入,造成“遍于一方，延门阖户，众人相等”的疫情，其性毒烈，不同于六淫。吴氏认为，温疫病的发生与否，除了与疠气的强弱之外因有关外，更重要是决定于人体正气的盛衰。
清代
到了清代，温病学已形成体系，以叶天士、薛生白、吴鞠通、王孟英为代表的四大温病学家出现是其显著标志。对于温疫，吴鞠通说 :“温疫者，疠气流行，多兼秽浊，家家如是，若役使然也。”即温疫是具有传染性和流行性的温病。陈修园认为，避疫之法，惟在节欲，节劳，仍勿忍饥，以受其气。胆为中正之官，胆气壮，则十一脏之气赖以俱壮，邪不能入。其在《医学三字经》中载有方剂预防温疫，后人据其功效拟方名为神圣避瘟丹，另以羌活、独活、白芷、香附、大黄、甘松、山柰、赤箭、雄黄各等分，苍术倍用，上为末，面糊为丸弹子大，黄丹为衣，晒干，正月初一清晨，焚一炷避瘟。熊立品在《治疫全书》中提出瘟疫流行时节“四不要”原则，即“瘟疫盛行，递相传染之际 ……毋近病人床榻，染其秽污；毋凭死者尸棺，触其恶；毋食病家时菜，毋拾死人衣物。”刘奎的《松峰说疫》记载了用屠苏酒方、麻豆投井方、苍术、贯众、赤小豆等进行饮用水的消毒。书中还载有避瘟方 65 方，使用方法有内服、纳鼻、取嚏等不同 ,其中不少预防疫病的方剂为其自创，对现代传染病的预防这些方剂仍有非常好的借鉴意义。在与天花的斗争中，人们发明发展完善了种痘术。《本草纲目》中引用明初谈伦的“谈野翁方”用白水牛虱预防天花, 则反映了近乎牛痘接种的预防法。雍正五年俞天池所著的《痘科金镜赋集解》中所云：“闻种痘法起于明朝隆庆年间(1567 —1572 年)宁国府太平县 ……至今种花者，宁国人居多。”按俞氏之说，我国的人痘接种术最迟在 16 世纪或更早一些时候就已经被宁国府太平县的医人发明，并逐渐将人痘术传播至海外。
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